[Hydra]

Собственно есть ли какие-то негативные последствия от использование фреймов на сайте?

[Alnew]

За использование Ифрейма ваш сайт убьют ПС.
Очень негативно относятся они к этому.

[Max111]

Если не будете туда запихивать разные вирусы и делать xss атаки(красть куки)то никаких последствий вроде как не должно быть.Но ПС к этому очень негативно относятся...

[Norder]

хм.. а если на сайте вставлены видео с Youtube. Код вставки ведь идет во фрейме. За это тоже санкции?

[dmg.shark]

хм.. а если на сайте вставлены видео с Youtube. Код вставки ведь идет во фрейме. За это тоже санкции?

зависит от того, что это за iframe
конечно же за нормальное содержимое ничего не будет и никаких санкций
если там что-то подозрительное - может быть

[GOODPower]

хм.. а если на сайте вставлены видео с Youtube. Код вставки ведь идет во фрейме. За это тоже санкции?

Для начала, ПС не дурак и понимает, что это обычный фрейм видео и за это ни чего не будет явно.
Если вы хотите сделать сайт красивым и сделать эффект "человек всегда остается на главном домене", то подключили ajax, если не ошибаюсь, то он поддерживает "похожесть фреймов".