Главная страница заточена была под определенный запрос (ключ1), долгое время главная страница была в ТОП10, 3 апа назад пропала главная страница в выдаче, вместо нее выдавало внутреннюю страницу, теперь вообще ничего не выдает по этому запросу (ключ1)
По другим менее важным запросам (ключ 2, ключ3..) главная есть в выдаче.
Если по запросу выводятся внутренние страницы, значит они более релевантные этому запросу и возможно менее заспамленные. У вас была задача по запросам запросу главная была на 1 месте?
Я вот думаю весь касяк в перелинковке....проследите чтоб страницы не ссылались сами на себя (на главной это сразу в глаза бросилось) плюс по возможности с анкоров на внутренние уберите вхождения ключа. Ну да, и проверьте сайт на переоптемизированность, поменьше полужирного. И ещё рекомендую проследить за естественностью тайтлов