Запутался совсем. На главной стоит ссылка <base href="http://site.com.ua/", также стоит ссылка <link rel="canonical" href="http://www.site.com.ua/" (с www)
Яндекс еще не индексировал сайт, хотя он не был закрыт в роботсе. Base влияет на зеркала?