У меня на сайте стоит Яндекс Метрика. Иногда посещение с Googla по запросам не определяется. Откуда знаю, что по запросу идут посетители? Потому что вижу на какой странице они были. Вот запросы с Яндекса и других поисковых систем отображаются нормально, а вот с Googla иногда пишет запросы, но в большинстве случаев запросы не показываются.
В аналитикс гугла также не отображаются 90% ключей гугла. Это относительно новая политика. Яндекс кстати тоже уже тестирует это. Так что рекомендую смотреть страницы входа и настраивать цели.