Думайте как это произошло. Было один раз, будет еще. Пароли от админки, фтп, хостинга. Проверьте на наличие уязвимостей к своей версии дле хотя бы в паблике. Смотрите сторонние модули и плагины которые вы установили.
Недавно сам удалил такую ерунду. Из-за нее у меня в маин.тпл был только ифрайм, пришлось перезалить маин + поменять пароли от фтп, админки (всех сайтов на этом аккаунте хостинга) и пару заплаток поставил. Если не секрет, ТС какая была версия скрипта? ниже 9.0?