[IceSkip]

Можно ли метрику брать в <noindex>
Будет ли она работать потом ?

[Boss199999]

Можно, как и любой другой счетчик.
Работать будет.

[west0293]

Работать-то будет, а в чем смысл? <noindex> в основном для Яндекса, не думаю, что яндекс будет плохо относиться к своему коду на Ваших страницах :)

[Matsa]

IceSkip, Этот тег влияет только на видимость элемента поисковой системой Яндекс, на работу скрипта он никак не влияет. А вообще его лучше не испоьзовать.