[VadimPRO]

Gunkin, О как, спасибо большое за такую конкретику) Это все, что есть с вирусов на сайте?

[Gunkin]

Кроме этого я ничего не нашел, и это точно то, из за чего яндекс занес сайт в базу вирусных сайтов. Через пару дней все будет нормально с сайтом.
Другое дело - откуда, тут точно не скажешь - либо ftp кто то своровал (сохраняете пароли в фтп клиенте?), либо дыра в каком то плагине joomla, возможно jce редактор (обновите если надо), либо это вина хостинга. Кстати, кто хостер если не секрет?

[VadimPRO]

Gunkin, хостер местный besthost

[Kgtu5]

будьте готовы к повторению, тут forum.searchengines.ru/showthread.php?t=806289 люди с этим уже месяц воюют и решения пока нет.
выставляйте на файл 444, на папку 555, меняйте все пароли, включайте логи, установите плагин слежения за изменением файлов.
ломают не зависимо от движка, посмотрите другие сайты на этом же айпишнике 2ip.ru/domain-list-by-ip/ , они наверняка тоже с похожими вставками в яваскриптах, пишите хостеру, покажите ему примеры - дырка на сервере, пусть он принимает меры...

[3s777]

Если это дыра на стороне сервера, то возможно вам будет полезен мой опыт Уязвимость сервера или как доказать хостеру, что он не прав.

[VadimPRO]

Спасибо ребята, всё ещё решаю эту проблему, надеюсь принятых мер будет достаточно чтоб искоренить эту дрянь...