Если говорить о играх, то флеш имеют больше CTR. А так, как сейчас игры требуют нормального канала интернета, то о скорости загрузки каких-то банеров говориться становиться не актуально. По поводу других тематик не знаю.
Смотря какой сайт, лично Я за статику или простые гифки, во-первых быстрее, во вторых любой знающий пользователь, ставит флешблоки в браузер. ПО умолчанию такие баннеры не видны.
Вне зависимости от тематики флэш и gif анимированные баннеры привлекают внимание в разы больше и соответственно кликов тоже будет больше. Хотя в немалой степени все зависит от оригинальности и актуальности баннера.