Лучше не трогайте и не вникайте в это. Если смените URLы, то придется ставить 301 редирект на новые страницы и если есть какие-то позиции в выдаче, то они просядут на время. Тем более, я считаю, лучше когда адрес полный, поскольку будет более лучшая релевантность для поискового робота.
в настоящее время это никак не влияет на сео насколько знаю. А вручную пользователи максимум вводят адрес сайта, но не страниц или тем более директорий, поэтому не стоит заморачиваться.
При разработке сайта, я обычно рекомендую убирать из url catalog чтобы сократить url Но если сайт уже работает, но ставить 301 редиректы это тоже не выход и лишний геморой. Так как нужно будет поменять все урлы в связи с тем. что 301 делает дополнительное перенаправление замедляя загрузку страницы. На ранжирование не влияет.