Ну и что, Textpipe Pro с миллионами строк нормально работает. Впрочем в экселе попробуйте, в соседние столбцы скопировать оба списка, потом упорядочить по алфавиту и просмотреть глазами. Может и дубли в соседних столбцах можно удалить там, точно не скажу.