начать нужно с проверки компьютера, а лучше переустановить ПО полностью, установить хорошую антивирусную программу (извините NOD - это не защита), ограничьте доступ на хостинг по IP, после этого восстанавливайте сайты из резерва, должно помочь.
Как выше отписал buninsan тоже советую доступ к FTP разрешить только для одного ip (для статического айпишника) или разрешить только вашей подсети (для динамического) айпи адресов (хоть какая-та защита).
я бы с радостью, да вот только на работе и дома айпишники абсолютно разные, а работаю и там и там на сайтах по много времени. Так как сталкиваюсь в первый раз, то задам соответствующий глупый вопрос: 2 разных Ip можно привязать?
Сообщение от izyalex
PS: Могу помочь с устранение проблемы, предоставлю все нужные инструменты для мониторинга и поиска гадостей.
если у вас vps - там можно ограничить доступ с помощью брандмауэра, если не vps, то с помощью .htaccess, вот статья например _http://kozma.com.ua/zapret-dostupa-po-ip-cherez-htaccess.html