[Fler]

Под какой из этих фильтров попадает весь сайт а под какой только отдельные страницы и запросы?

[Doctor Mad]

Пингвин - отдельные страницы (с соответствующими запросами), панда - весь сайт (или его разделы). Вроде так

[genjnat]

фильтрация за ссылочный спам (пингвин), и весь сайт, и отдельная страница (в последнем случае, это уже не Пингвин, а просто фильтр на страницу, по всем ключам что в анкорах ссылок использовались).
Панда - либо весь сайт, либо кластерами, по разделам

[Ленивый]

По сути своей каждая страница рассматривается отдельным документом, так что попадает как бы отдельная страница.
Но в основном все страницы одного сайта сделаны одинаково, поэтому попадает большая часть страниц.