У меня вылезает ошибка 504 - Gateway Time-out. Можете усовершенствовать скрипт, чтобы он хотя бы с какой-нибудь периодичностью отдавал ответы с сервера?
Всё верно. На хостинге её имеет запускать, если у вас есть возможность ручной настройки php.ini. -- Я запустил на локальном компьютере через денвер. Параметр PHP max_executive_time: выставлять имеет смысл не 30 (секунд), а скажем этак 14000 секунд. Скрипт работает. Разумеется не быстро, но 20-30 ссылок за минуту обрабатывается. Можете прикинуть сколько всего минут надо будет на обработку всей базы сайтов.
Кстати ряд ссылок в списке неправильные - там всесто vashsite.com (автоматом меняется на реальный URL) стоят ссылки на другие сайты (вероятно автора темы).