[imFluder]

Постоянно пропадаю ссылки, потом некоторые возвращаются, некоторые - нет, добавляются новые. Уже давно перестал обращать на это внимание.
Как вариант - ссылка была в посте на главной странице, потом пост ушел на вторую страницу, яндекс заметил отсутствие на первой странице - убрал ссылку, пожже заметил присутствие на второй - добавил.
Надеюсь, всем понятно что я накалякал :)

[Georg]

Лично мне - понятно.

[vestorg]

Панель вебмастера вообще живет своей жи3нью)) У меня недавно сайт с 700 страниц в индеске просто ока3ался в статусе "сайт не проиндексирован")) хотя страницы в индексе остались, при следующем апе конечно все вернулось, а исче3новение ссылок я также наблюдаю, но при апе восстанавливаются.

[SEOParadise]

Тоже такое наблюдаю, иногда пропадает сразу большое количество ссылок, но потом возвращаются. Иногда не все... Странно, конечно, это всё, но по мне дак это скорее косяки в работе самого вебмастера, а ссылке независимо от этого находятся в индексе.

[stiger]

я замечал что такое бывает перед апами.. т.е. на кануне апа идут глюки в вебмастере сильные. может файлик не скачиваться со списком ссылок, или ссылки меняют количество.

[terehoff]

Я туда просто стараюсь не заглядывать лишний раз. А если все же сомнения - платону напишите для начала. Есть еще твиттер @yandexsupport - на паблик сообщения они быстро отвечают))