1) удалить скрипт 2) Проверить сайт на шелы 3) Сменить пароли от всего 4) Если ничего не помогает - искать дыру и латать 5) Если предыдущее не помогает - ставить права на запись меньшие, проставить .htaccess в папке с яваскриптами, сменить имена ява скриптов и папки 6) Если сменяются права автоматом (по истечению времени) и в логах замечена подозрительная активность (появление левых файлов) - долбить хостера
Для безопасности убирите права на редактирование, можно даже для всех, вам тоже придется только через панель менять, но по сути их менять то нужно бывает, так что минусов нету. Часто стали дле ломать.