[m@rs]

Было 2 сайта: site1.ru (на Вордпресс) и site2.ru ( на Джумле магазин Virtue Mart)
Решил объединить, site2.ru перенес в папку site1.ru/shop
все вроде бы работает, только почемуто админку (меню) в Джумле перекосило .

Вопрос в следующем:

1) что делать с robots.txt , sitemap.xml, .htaccess относящиеся к Site2.ru, которые теперь лежат в site1.ru/shop
2) возмодно ли у сайта /shop будет настроить ЧПУ
3) Может какие подводные камни еще есть?

[pselfin]

1) что делать с robots.txt , sitemap.xml, .htaccess относящиеся к Site2.ru, которые теперь лежат в site1.ru/shop

Настроить с учётом для сайта2.ру

2) возмодно ли у сайта /shop будет настроить ЧПУ

Ежели двиг позволяет, то конечно)

3) Может какие подводные камни еще есть?

потеря позиций магазина, если они конечно были)))
Если были, то нужно было продумать и настроить перенаправления со старых адресов на новые соответствующие, используя 301 код

[m@rs]

Настроить с учётом для сайта2.ру

Настроить 1 общий на оба сайта или в первом нужно как-то прописать ссылку на robots.txt , sitemap.xml, .htaccess второго сайта?

[pselfin]

роботс только один на домене может быть
штакцесс может быть и в подпапках.
сайтмап.хмл может и несколько быть, в панелях ссылки указать на нужные

[Delet_ER]

поскольку у вас шоп идет как подкаталог, то у вас будет всего один robots.txt, в котором нужно указать директивы для всего сайта, включая шоп.

это не очень сложно.