[Ems]

Так сложилось, что у меня к хостингу привязан поддомен одного сайта - как главный.

И остальные домены, идут как бы поддоменами к нему.

Т.е. domen.ru - это domen.site.ru.

Дело в том, что в поиск каким-то образом вылезает не только domen.ru, но и domen.site.ru. Как можно было запретить индексировать поддомен? Если в роботс прописать запрет индексирования поддомена, а адрес сайта открывает директорию поддомена - то не заблокируется ли сайт в поиске?

[iavtomoto]

а если на нежелательный домен повесить заглушку с переадресацией на главный домен?

[DAV]

можно на поддомене поставить rel=canonical, указав там основной домен, вот тут подробнее: http://help.yandex.ru/webmaster/?id=1111858 и http://www.google.com/support/webmas...&answer=139394
но по сути и если вы закроете в robots поддомен, то основной сайт не закроется. Я бы сделал и то и другое

[reset]

Редирект через htaccess поможет.

[Ems]

Так сложилось, что у меня к хостингу привязан поддомен одного сайта - как главный.

Не правильно выразился. Не поддомен, а домен.