Прежде чем делать да и вообще заниматься внутренней перелинковкой сайта важно понимать суть этой самой перелинковки, ведь перелинковка это не просто пути для роботов что бы они тупо гуляли по ней. Перелинковка передает вес всего сайта и прежде чем делать перелинковку важно для себя определится какую именно страницу вы собираетесь продвигать или все таки морду сайта.
И уже из тех соображений делать перелинковку, самая качественная перелинковка будет если она сделана вручную и не пишите бред всякий о скриптах, программах и т.д.