Домен и поддомен - это 2 разные вещи, которые лежат в двух разных папках на хостинге. Поэтому, если бан на поддомене, то основного домена это не коснется.
Во всяком случае мне анивирь блокал поддомен а домен нет.
Стоит еще повесить на десятке других поддоменов этого домена "зараженный ресурс" и домен уйдет "со свистом" в бан и поисковиков и антивирусников. Хотя антивирусники они есть разные... Утверждать на примере одного домена об общих тенденциях неразумно. Действительно, из-за одного поддомена ничего не будет. Уже в далекой "seo древности" "умники" вешали кучу ГС на поддомены и в итоге получали что? Бан домена. Для любого начинающего дорвейщика существует понятие "трастового хостинга" Что это? "Не трастовый" ,это когда все поддомены этого фрихостинга забанены в поисковиках. В общем, успехов всем в теории, что "домены и поддомены" для поисковиков это "исключительно разные сайты". Молодняку кагбе не лишне будет "основательно потоптаться по граблям".