Могу быть разные варианты. Например на сайте глубоко вложенные урлы (http://www.site.ru/cat1/cat2/cat3/dl...pecifikasiya1/). В таком случае у робота кончился краулинговый бюджет и он к не прошелся так глубоко ваш сайт не исследовал. Поставьте с главной страницы ссылки на непроиндексированные категории. Перелинкуйте карточки между собой (например сделайте внизу страницы блок "Товары в этой категории", или "Похожие товары"). Так вы создадите дополнительные точки входа для индексирующего бота. По хорошему, Вам надо сделать технический аудит сайта. Он ,в том числе, и нацелен на исправление проблем индексации.