[Ilich]

Будут ли считаться аффилиатыми сайты одинаковой структуры, но с контентом на разных языках?

[Ильяс]

Если же одной структуры , то да.

[Talismanchik]

Будут ли считаться аффилиатыми сайты одинаковой структуры, но с контентом на разных языках?

Скорее всего нет! Аффилиат фильтр был бы, если бы ты раскручивал сайты по одинаковым запросам. И тогда в поиске появлялся бы только один сайт. Т.к. ты не будешь раскручивать сайты по одним и тем же запросам, то и фильтра не будет.
Запросы же на разных языках будут.
Можно даже глянуть примеры:
Новый iPad и new iPad

[Dager]

Если на сайтах одни и те же контактные данные или любые другие показатели того что сайты принадлежат одному лицу то они будут аффилиатами. Но смысл фильтра в том что сайты аффилиаты оба не участвуют в выдаче по одному и тому же запросу, выводится только один из них, тот который Яндекс посчитает более релевантным. У вас сайты на разных языках, т.е. и запросы по которым сайт будем продвигаться разные, так что бояться не чего.