[ohmygod]

Контент хранится в базе данных, так что не должен потеряться. Главное оставить папку с изображениями к статьям.

[efs]

romer, если вы сначала удалите все содержимое каталога сайта, а затем зальете чистый движок и укажите данные для подключения к старой бд, то будут утеряны только изображения (при условии, что вы их загружали на сайт, а не на сторонний сервис). статьи и комментарии останутся.
если вы просто хотите залить чистый движок поверх имеющихся файлов, то это вам ничего не даст, так как вредоносное ПО так и останется у вас на сайте.

[shkip3r]

ищите папку у кучей html файлов, удаляйте её и закрывайте от индексации в robots.txt
сам с такой же фигней мучаюсь, заливают этот мусор, а я дырку не могу найти, cms обновлена...