Смотрю конечно. Особенно тщательно, если тему качаю с какого-нибудь левого сайта. Выше уже посоветовали TAC - прекрасный плагин для обнаружения всякой гадости.
Файлы обязательны для проверки. особо часто вставляют подобные ссылки как кодированные так и не кодированные в footer functions. При этом выше voffka_m описывал довольно сложный вариант. Чаще вставляют скрипт PHP который рендомом выводит ссылки на главную, одиночную и рубрики. Убираешь и все нормально с шаблоном. Хитрецы вставляют код, но если убрать значение href, то шаблон отрубается. если заменить адрес чужой на свой, шаблон работает но вес передает не на чужой сайт а на свой. некоторые а ля VIP шаблоны содержат код Баннеров и ссылок, которые рекламируют создателя или ресурс, с которого скачали шаблон. Все можно убрать или заменить или в 90% случаев: functions, sidebar , footer . Плагин TAC помогает очень хорошо, но иногда с functions случаются проколы
Всегда проверяю каждый файл шаблона. При чем не беглым взглядом, а "читаю код". Кроме того, смотрю код различных модулей/плагинов (и не только для WP).