Флеш это чисто графика, преимущественно меню на флеше сделано у корпоративных сайтов, как уже было отмечено выше - сгенерировать карту сайта, для яндекса в html а для гугли в xml форматах и все встанет на свои места как нада. И делайте на флеше хоть все меню, ради бога :)
Если на флеще меню или там шапка, это фигня и не проблема особенно. А вот если весь сайт, могут возникать сложности.