А какая разницу, индексирует или нет. Надо стремится всегда к простому.. Делай без js. Будет 100% гарантия. вконтакте на аяксе =), ну и в принципе, все современные сайты, в частности веб-приложения. Норм индексируются. ПС в комментариях толк есть когда они развернуты и составляют как бы эссе на статью и объем хороший. А вроде таких "за* статья" зачем они нужны ?
Была информация, что Google индексирует содержимое JS, если он не вынесен в отдельный файл, т.е. если он находится в теле (body тут не причем) страницы.
А вообще, эксперимент сделать очень просто - разместить в комментарии таком какую-то текстовую абракадабру - потом проверить, находится ли этот сайт по этой абракадабре. Кроме того, поставить еще оттуда ссылку с анкором другой уникальной абракадабры и потом проверить - находит ли поисковая система акцептор по данному анкору. При этом еще Яндекс должен написать "Найден по ссылке:", потому что текста на акцепторе по содержанию анкоре не будет.