На одном проекте сменил домен. Контент уник, Яндекс "склеил" оба сайта, и полностью исключил из поиска все страницы, даже морды нет. Уже 3 апа никаких сподвижек. Платонам отписал, ответили шаблоном, типо мы выясним что с сайтом, однако что-то не спешат отвечать.
Было подобное после склейки. Отписал в яндекс, получил стандартный ответ, мол выясним что и как. Спустя примерно месяц получил ещё одно письмо о том что с сайтом всё в порядке.
Пока ждал ответ, проверил заперт на индексацию, добавив морду и внутряк - и то и то добавилось в аддурилку без проблем. Так же, добавил новый домен в я.вебмастер, туда же воткнул sitemap ну и поставил 3 жирных ссылочки с околотематических сайтов.
Помню мой сайт один раз тоже вылетел полностью из Яндекса. Я написал в тех. поддержку, через несколько дней получил ответ
Благодарим Вас за то, что обратили наше внимание на проблемы с индексированием Вашего сайта. Мы постараемся в скором времени определить, по какой причине это происходит, и сделать все возможное, чтобы Ваш сайт появился в поиске. Если сайт перестал индексироваться (не индексируется) из-за каких-то ошибок с Вашей стороны, мы обязательно Вам о них сообщим.
Еще через несколько дней пришло еще одно письмо из тех. поддержки
Сейчас с Вашим сайтом все в порядке, не переживайте. В ближайшее время он должен начать индексироваться. Скорее всего это произойдет в течение двух недель.
И буквально через несколько дней сайт полностью вернулся в индекс Яндекса.
У вас со старого домена редирект есть или просто перенесли контент на новый домен? Если нет редиректа, то ставьте и в robots директиву host для яндекса пропишите. Если редирект стоит, то писать Сукину надо, хоть скажет че там.