Скорее всего позиции сайта пессимизировали в выдачи из-за наличия покупных ссылок или наличия копий контента на других сайтах. То что вы оптимизировали сайт по новой это хорошо, но яндекс последнее время совсем непонятно рассчитывает качественные сайты.