Знаю человека в рунете, делает аптеки на своем движке (он у него универсальны и под блоги и под форумы и под социалки), не жалуется и спокойно работает.
В чем плюс своего движка? Чего вам не хватает в официальном, там всё есть!
Я устанавливал аптеку партнерки и пробовал продвигать, из под фильтров она так и не вышла, в итоге забил на продвижение аптеки и переключился на работу с трафиком на блогах. Также в рунете занимался продвижением и обслуживанием интернет-магазина по продаже лекарств, софт этот хорошо знаю, знаю его возможности, в буржуйнете его вообще не встречал, поэтому мне думается, что уникальность движка может быть как бонус при продвижении.
Нету смысла, во первых в топ белым шопам вылезти очень трудно и затратно по баблу, во вторых всё равно придётся постоянно бабло вкидывать, а это уже может не окупиться.