Повлияет, еще и как. Обычно раскручивается домен, а следом за им и поддомен, в последствии можно ожидать чего угодно. А если учитывать, что Яшка меняет очень часто свои алгоритмы - то хз.
Я бы не рисковал на вашем месте. На развитие поддомена "верхний" домен не повлияет никак, если я не ошибаюсь, а значит и смысла этом просто нет, кроме ситуации, когда у вас контент будет одной тематики.
Ну вообще как уже сказали выше сай на поддомене это отдельный, самостоятельный сайт. Но блин, яндекс же может все что угодно вычудить, так что думаю не стоит рисковать.