Подсказали. Кому интересно частично проблема решается заменой файла config.xml ( если кому нужен измененный config.xml - пишите отправлю, не знаю как тут прикреплять) в папке \administrator\components\com_content. Тогда урлы категорий без цифр выводятся. Но все-таки реально остаются на сайте, но уже не куча страниц, а всего две и запретить в роботе можно одной командой поставив диссалоу и цифру урл категории.
Если сайт старый и уже много контента так же наверное запретить и редирект на новые страницы поставить. Иначе яндексбот доберется. Всем спасибо за участие в обсуждении.
Если кто-нибудь придумает еще метод - пишите, думаю полезно все будет
У меня на яндексе вот такое по дефолту: .../41-название статьи/41-название-статьи, но должно быть /41-название-статьи...А неправильная ссылка такая берется из твита к статье(не сразу понял), но знание этого конечно же проблемы не решает.
Делаешь сайты онлайн/оффлайн, но не зарабатываешь? В ЛС.